زیست شناسی کاربردی

شماره جاری

بر اساس شماره‌های نشریه

بر اساس نویسندگان

نمایه نویسندگان

نمایه کلیدواژه ها

براساس موضوعات

درباره نشریه

اهداف و چشم انداز

اعضای هیات تحریریه

اصول اخلاقی انتشار مقاله

بانک ها و نمایه نامه ها

پیوندهای مفید

پرسش‌های متداول

فرایند پذیرش مقالات

اخبار و اعلانات

اطلاعات آماری نشریه

راهنمای نویسندگان

جهت رفع مشکل پرداخت مالی در سامانه

راهنمای ثبت نام داروان در Publons

داوران سال 1398

داوران سال 1399

داوران سال 1400

داوران سال 1401

فیلوژنی مولکولی و تایید گروه Alpestris در جنس Myosotis L. بر اساس ترکیب داده های هسته ای و کلروپلاستی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استادیارگروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاداسلامی، واحدقم، قم، ایران

2 استاد گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

3 دانشجوی دکتری گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

چکیده

  جنس Myosotis دارای پانزده گونه در ایران است و ویژگی تشخیصی آن میوه صاف، سیاه و براق می‌باشد. به منظور نشان دادن موقعیت فیلوژنتیکی Myosotis، 14گونه از آن به همراه گونه‌هایی ازقبیله Cynoglosseae s. l. با استفاده از مارکرکلروپلاستیrpl32-trnL و همچنین توالی ترکیبی cpDNArpl32-trnLUAG-nrDNAITS، به دو روش پارسیمونی و بایسین مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج، تک تباری جنس Myosotis را تایید نمود. همچنین نشان داده شد دو زیرجنس Myosotis و Strophiostoma، بخشه‌های Myosotis و Exarrhena، وگونه‌های یکساله تک تبار نیستند. درکلادوگرام حاصل از توالی کلروپلاستی rpl32-trnL تنها گروه‌های C، E وF تک تبارند، اما داده‌های ترکیبی تک تباری شش گروه A، B، C، D، E و F را نشان داد. گروه F با داشتن ویژگی‌های تشخیصی متعدد، گروهی است که بر اساس تمام توالی‌ها و روش‌های آنالیزی تک تبار بود. این گروه با چهار گونه‌ی M.asiatica، M.alpestris، M.suaveolens و M.lithospermifolia در فلور ایران، با نام Alpestris به عنوان گروهی مجزا و تک تبار معرفی می‌گردد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Molecular phylogeny and Alpestris group confirmation in Myosotis L. genus based on combined nuclear and chloroplast data

نویسندگان [English]

  • Maryam Khoshsokhan mozaffar 1
  • Shahrokh kazempour osaloo 2
  • Mahboubeh Sherafati 3

1 Assistant Professor, Department of Biology, Qom Branch, Islamic Azad University, Qom, Iran

2 Professor, Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences,Tarbiat Modares University, Tehran, Iran

3 PHD student, Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences,Tarbiat Modares University, Tehran, Iran

چکیده [English]

Myosotis L. (Boraginaceae) consists of 15 genera in Iran and distinguished by small, black and smooth nutlets. In order to determination of Myosotis phylogenetic position in generic and subgeneric level, 14 species of Myosotis along with some Cynoglosseae species were used. Matrices consist of chloroplstic rpl32-trnlUAG and combined nrDNAITS - cpDNArpl32-trnlUAG sequences were analyzed by maximum parsimony and Bayesian Inference. Results confirmed the monophyly of the Myosotis genus. Also Strophiostoma and Myosotis subgenera, Myosotis and Exarrhena sections and Myosotis annual species are not monophyletic. Based on chloroplast rpl32-trnlUAG sequences, C, E and F groups are monophyletic. Combined nuclear and chloroplast data showed the monophyly of the six A, B, C, D, E and F groups. Fgroup with numerous diagnostic characters was monophyletic in all data. This group is introduced as a distinct and monophyletic group called “Alpestris group” in Iran, consists of four species, M.asiatica, M.alpestris, M. suaveolens and M. lithospermifolia.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Alpestris group
  • Boraginaceae
  • cpDNArpl32�trnLUAG
  • Molecular Phylogeny
  • Myosotis
مراجع
Doyle,J.J. and Doyle,J.L. (1987) “A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue” Phytochemical Bulletin 19: 11-15.
Edgar,R.C. (2004) “Muscle: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput” Nucleic Acids Research 32: 1792-1797.
Felsenstein, J. (2004) Inferring phylogenies, Sinauer Associates. Inc., Sunderland, Massachusetts.
Grau, J. and Merxmuller, H. (1972) Myosotis (Boraginaceae). In: Flora Europea (Eds. Tutin, T. G., Heywood, V. H., Burges, N. A., Moore, D. M., Valeatine, D. A., Walters, S. M. and Webb, D. A.) 3: 111-117. Cambridge University Press, Cambridge.
Grau,J. and Schwab,A. (1982) “Mikromerkmale der blute zur gliederung der gattung Myosotis. Mitteilungen der Botanischen” Staatssammlung München 18: 9-58.
Hall,T.A. (1999) “Bioedit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT” Nucleic Acid Symposium Series 41: 95-98.
Khatamsaz, M. (2002) Boraginaceae. In: Flora of Iran (Eds. Assadi, M., Khatamsaz, M. and Maassoumi, A. A.) No. 39, Research Institute of Forests and Rangelands. Tehran (in Persian).
Khoshsokhan Mozaffar,M., Kazempour Osaloo,S., Oskoueiyan,R., Naderi Saffar,K. and Amirahmadi,A. (2013) “Tribe Eritrichieae (Boraginaceae s.str.) in west Asia: a molecular phylogenetic perspective” Plant Systematic and Evolution 299: 197-208.
Langstrom,E. and Chase,M.W. (2002) “Tribes of Boraginoideae (Boraginaceae) and placement of Antiphytum, Echiochilon, Ogastemma and Sericostoma: Aphylogenetic analysis based on atpB plastid DNA sequenca data” Plant Systematic and Evolution 234: 137-153.
Larkin,M.A.,Blackshields,G., Brown,N.P., Chenna,R., McGettigan,P.A., McWilliam,H., Valentin,F., Wallace,I.M., Wilm,A., Lopez,R., Thompson,J.D., Gibson,T.J., Higgins,D.G. (2007) “Clustal W and Clustal X version 2.0” Bioinformatics 23: 2947-2948.
Madison,W.P. and Madison,D.R. (2011) “Mesquite: a modular system for evolutionary analysis” Retrieved from http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html. On: 23 May 2012.
Nylander, J. A. A. (2004) MrModeltest v2. Program distributed by the author. Evolutionary Biology Centre Uppsala University. Uppsala.
Popov, M. G. (1953) Boraginaceae. In: Flora USSR (Eds. Shishkin, B. K. and Bobrov, E.) 19: 97-691. Izdatel’stvo Akademii Nauk SSSR, Moskva and Leningrad.
Posada,D., BuckleyT.R. (2004) “Model Selection and Model Averaging in Phylogenetics: Advantages of Akaike Information Criterion and Bayesian Approaches Over Likelihood Ratio Tests” Sys Biol 53(5): 793-808.
Rieseberg,L.H., SoltisD.E. (1991) “Phylogenetic consequences of cytoplasmic gene flow in plants” Evol Trends Pl 5:65–84
Riedl, H. (1967) Boraginaceae. In: Flora Iranica (Ed. Rechinger, K. H. ) 48: 97-146. Akademische Drück- und Verlagsanstalt, Graz.
Ronquist,F. and Huelsenbeck,J.P. (2003) “MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models” Bioinformatics 19: 1572-1574.
Show, J., Lickey,E.B., Beck,J.T., Farmer,S.B., Liu,w., Miller,J., Siripun,K.C., Winder,C.T., Schilling,E.E. and Small,R.L. (2005) “The tortoise and the hare II: Relative utility of 21 noncoding chloroplast DNA sequences for pylogenetic analysis”  Am J Bot  92(1): 142- 166.
Sherafati,M. Khoshsokhan,M., Kazempour Osaloo,S., Esmaelbegi,S. and Saadati,N. (2014)         “Molecular phylogeny of the genus Myosotis (Boraginacea) based on nrDNA ITS sequences” Taxonomy and Biosystematics 19: 83-94.
Soltis,D.E., Kuzoff,R.K. (1995) “Discordance between nuclear and chloroplast phylogenies in the Heuchera group (Saxifragaceae)” Evolution 49:727–742
Swofford, D. L. (2002) PAUP*: Phylogenic analysis using parsimony (* and other methods). version 4.0b10. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, Massachusetts.
Weigend,W., Gottschling,M., Selvi,F., Hilger,H.H. (2010) “Fossil and Extant western hemisphere Boragieae, and the polyphyly of Trigonotideae Riedl (Boraginaceae: Boraginoideae)” Syst Bot 35:409-419
Wendel, J. F. Doyle, J. J. (1998) Phylogenetic incongruence: Window into genomehistory and molecular evolution. Pp. 265–296. in: D. E. Soltis, P. S. Soltis and J. J. Doyle (eds.) Molecular Systematics of Plants II, DNA Sequencing. Kluwer Academic Publishers, London.
White, J. Bruns, T. Loe, S. and Taylor, J. (1990) Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pp. 315-322. in:  M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and T. J. White, (Eds). PCR protocols: a guide to methods and applications. Academic Press, San Diego.
Winkworth,R.C. Grau,J. Robertson,A.W. and Lockhart,P.J. (2002) “The origins and evolution of the genus Myosotis L. (Boraginaceae)” Mol Phyl Evol 24: 180-193.
زیست شناسی کاربردی
دوره 30، شماره 1
شهریور 1396
صفحه 59-74
فایل ها
هم رسانی
ارجاع به این مقاله
آمار