بررسی سه روش استخراج دی. ان. ای (DNA) از Pseudomonas aeruginosa توسط اسپکتروفوتومتر نانودراپ و ژل الکتروفورز

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست‌شناسی، دانشگاه الزهرا

2 استادیار گروه زیست‌شناسی، دانشگاه الزهرا

3 دانشیار گروه زیست‌شناسی، دانشگاه الزهرا

چکیده

استخراج دی. ان. ای اولین مرحله در مطالعه‌ی ساختار و عملکرد ژن است. در تحقیقات مهندسی ژنتیک و میکروبیولوژی، دست‌یابی به روش مؤثر جداسازی دی. ان. ای ضروری است. روش‌های زیادی برای استخراج دی. ان. ای از باکتری‌ها وجود دارد که بر حسب ساختار دیواره و غشای باکتری استفاده می‌شوند.
 هدف این تحقیق، ارزیابی روش‌های مختلف استخراج دی. ان. ای از باکتری گرم منفی سودوموناس آئروجینوزا و انتخاب روش مؤثر بود.
در این پژوهش سه روش استخراج دی. ان. ای از باکتری گرم منفی سودوموناس آئروجینوزا به‌منظور تعیین میزان کمی و کیفی دی. ان. ای و مقایسه‌ی آن‌ها با یکدیگر بررسی شد. این روش‌ها شامل بافر لیز حاوی پروتئینازk،DNGTM- plus kitو جوشاندن بود. در هر روش ده نمونه در قالب طرح کاملا˝ تصادفی، انتخاب و غلظت دی. ان. ای استخراج شده با استفاده از دستگاه نانودراپ و ژل الکتروفورز آگارز اندازه‌گیری شد.
تجزیه‌ی واریانس تفاوت معنی‌داری بین این سه روش نشان داد. میانگین غلظت‌های دی. ان. ای با استفاده از آزمون دانکن نیز تفاوت معنی‌داری نشان داد. سرانجام روش جوشاندن، مناسب‌ترین روش با بالاترین بازده استخراج در نظر گرفته شد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Evaluation Of three methods of DNA extraction from Pseudomonas aeruginosa by Spectrophotometer nanodrop and gel electrophoresis Evaluation Of three methods of DNA extraction from Pseudomonas aeruginosa by Spectrophotometer nanodrop and gel electrophoresis

نویسندگان [English]

  • Somaye Aazami 1
  • Ezzat Asgarani 2
  • Ahiya Abdi aali 3

1 M. A. Department Biology of Alzahra University azami.

2 Department Biology of Alzahra University

3 Department Biology of Alzahra University

چکیده [English]

DNA extraction is the first stage of gene structure and function study, and finding an effective protocol for isolation DNA in genetic engineering and microbiology studies is essential. There are many different methods for DNA extraction which are interchangeable depending on the wall and membrane structure in the bacterium. Objective: The aim of this study was the assessment of different methods for DNA extraction from gram-negative bacterium (Pseudomonas aeruginosa) and the selection of effective protocol.Materials and methods: In this study three different methods of DNA extraction from gram-negative bacterium (Pseudomonas aeruginosa) is compared to determine the quantity and the quality of the DNA. These methods include lysis buffer containing proteinase K, DNGTM-plus kit and boiling. In each method, ten samples were selected in a completely random plan and the concentration of DNA was measured using spectrophotometer, Nanodrop and agarose gel electrophoresis. Result: Variance analysis illustrated a meaning difference between three methods. Also average comparison using Duncan test illustrated meaning difference. Finally, boiling method was considered as the most suitable method with the highest extraction efficiency.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA extraction
  • spectrophotometer nanodrop
  • gel electrophoresis
  • variance analysis
  • Duncan test

 

امتیازی.گیتی (1386). میکروبیولوژی کاربردی و مهندسی ژنتیک، ویرایش دوم، انتشارات دانشگاه اصفهان.

براون. ترای (1386). کلون‌سازی ژن‌ها و آنالیز دی. ان. ای، چاپ اول، انتشارات خانه‌ی زیست‌شناسی، تهران.

 

 

 

 

Ausubel. F. M., Brent. R., Kingston, R. E.Moore, D. D. Seidman, J.G. Smith, J.A. Struhl K.,(1987). Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associated and Wiley-Interscience, New York.

Chen. W. P., Kuo T. T.; (1993). A simple and rapid method for the preparation of gram-negative bacte-rial genomic DNA, Nucleic acid research, 21-9.

Chen. J., Su. Z., Liu Y., Wang SH., Dai X., Li Y., Peng S., Shao Q., Zhang H., Wen P., Yu J., Huang X., Xu H.; (2009). Identification and character-ization of class 1 integrons among Pseudomonas aeruginosa isolates from patients in Zhenjiang, China,Int J of Infect Dis, 13:717-721.

Farshad. SH, rasouli. M., Alborzi A.; (2004). Simultaneous detection of Helicobacter genus and Helicobacter pylori spesies using a multiplex PCR method, Iran. Biomed. J, 8(4): 205-209.

Harding , N. E., Cleary J. M., Cabanas D. K., Rosen I.G., Kang K.S.; (1987). Genetic and physical analyses of a cluster of genes essential for xantan gum biosynthesis in Xanthomonas campestris, J. Bacteriol, 169: 2854-2861.

Hentzer. M., Wu. H., Andersen J.B., Riedel K., Rasmussen T.B., Bage N, Kumar. N., Schembri m. a., Song. Z.; (2003). Attenuation of Pseudomonas aeruginosa virulence by quorum sensing inhibitors. EMBO J. 22: 3803-3815.

Jenab A., Roghanian R., Golbang. N.,Golbang P., Chamani L.; (2010). Comparison of three methods of DNA extraction in endocervical specimens for Chlamydia trach-omatis infection by spectroph-otometry, agarose gel and PCR., Arch. Immunol. Ther. Exp., 58: 227-234.

Merk S., Neubauer H., Meyer H., Greiser-wilke I.; (2001). Comparison of different methods for the isolation of Burkholderia cepacia DNA from pure cultures and waste water, Int J Hyg Environ Health, 204: 127-131.

Sung K., Khan S.A., Nawaz M.S. ,Khan A.A.; (2003). A simple and efficient TritonX-100 boiling and chloroform extraction method of RNA isolation from gram-positive and gram-negative bacteria, FEMS Microbi-ology Letters, 229: 97-101.

Wilcox H.; (2009). DNA extraction-sucrose lysis method, Worden lab.