بررسی تکنیک PCR-DGGE برای شناسایی گونه‌های مختلف کاندیدا

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استاد/دانشگاه الزهرا(س)

2 استادیار/دانشگاه الزهرا(س)

3 دانشیار/دانشگاه الزهرا(س)

چکیده

کاندیدا از جمله شایعترین مخمرهای عفونت زای انسانی می‌باشد و در سال‌های اخیر نرخ عفونت‌های ایجاد شده توسط این مخمر افزایش یافته است. شناسایی زود هنگام کاندیدا‌های بیماری زا نقش مهمی را برای انجام اقدامات درمانی و کنترل عفونت‌های بیمارستانی ایفا می‌نماید. روش‌های سنتی شناسایی کاندیدا نسبت به روش‌های مولکولی از حساسیت کمتری برخوردار بوده و به زمان بیشتری نیاز دارند. با توجه به وجود برخی محدودیت‌ها در روش‌های مولکولی مورد استفاده، در این مطالعه امکان استفاده از تکنیک PCR-DGGE برای شناسایی 5 گونه‌ی کاندیدای بیماریزا یعنی کاندیدا پاراپسیلوسیس، کاندیدا گلابراتا، کاندیدا تروپیکالیس، کاندیدا آلبیکنس و کاندیدا ارتوپسیلوسیس ارزیابی شد. بدین منظور ناحیه‌ی ITS2 با استفاده از پرایمر‌های ITS3-GC و ITS4 تکثیر شد و از محصولات به دست آمده در DGGE استفاده شد و نشان داده شد این تکنیک توانایی شناسایی گونه‌های مورد بررسی را دارا می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Evaluation of PCR-DGGE technique for identification of different Candida species

نویسندگان [English]

  • Aida Hamidkhani 1
  • Parisa Mohammadi 2
  • Ezzat Asgarani 3
  • Maryam Yoseffi 3

1 Professor / Al-Zahra University

2 Assistant Professor / Al-Zahra University

3 Associate professor / Al-Zahra University

چکیده [English]

Candida species are the most common cause of fungal infections. Early identification of Candida species is necessary for effective antifungal therapy and can also facilitate control of hospital infections. Identification of Candida species by conventional methods is time-consuming with low sensitivity, but molecular approaches have provided an alternative way for their early diagnosis. Considering different molecular approaches limitation for diagnosis of Candida species, in this study PCR-DGGE was evaluated for detection of five different pathogenic Candida species including C.glabrata, C.tropicalis, C.albicans, C.orthopsilosis and C.parapsilosis. ITS2 region was amplified using ITS3-GC and ITS4 primer set and the amplified fragments were used in DGGE. The results showed that DGGE is capable of detection of Candida species being analyzed.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Candida
  • PCR
  • DGGE

Ahearn, D.G.(1998) Yeasts pathogenic for humans. Pp. 9–14. In: C. P. Kurtzman and J. W. Fell

(eds), The yeasts, a taxonomic study, 4th ed. Elsevier Science B. V., Amsterdam, The

Netherlands

Cocolin, L., Bisson, L.F., Mills, D.A. (2000) Direct profiling of the yeast dynamics in wine fermentations. FEMS Microbiology Letters 189(1): 81–87.

Cone, L.A., Byrd, R.G., Potts, B.E., Wuesthoff, M. (2004) Diagnosis and treatment of Candida

vertebral osteomyelitis: clinical experience with a short course therapy of amphotericin B lipid complex. Surgical Neurology 62(3): 234-7.

Dassanayake, R.S., Samaranayake, L.P. (2003) Randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting: the basics. Methods Molecular Biology 226: 117-22.

Lopez-Martınez, R. (2010) Candidosis, a new challenge. Clinics in Dermatology 28)2):178-

84.

Moter, A., Gobel, U.B. (2000) Fluorescence in situ Hybridization )FISH) of microorganisms for

direct visualization. Journal of Microbiological Methods 41(2):85-112.

Lord, N.S., Kaplan, C.W., Shank, P., Kitts, C.L., Elrod, S.L. (2002) Assessment of fungal diversity

using terminal restriction fragment pattern analysis: comparison of 18S and ITS ribosomal regions. FEMS Microbiology Ecology 42(3): 327-37.

Michaelsen, A., Pinzari, F., Ripka, K., Lubitz, W., Pilar, G. )2006) Application of molecular techniques for identification of fungal communities colonising paper material. International Biodeterioration and Biodegradation 58(3): 133-141.

Murray, P.R., Baron, E, Pfaller, M.A., Tenover, F.C., Yolken, R.H. (1995) Manual of clinical microbiology, 6th ed., ASM Press. 436pp, Washington DC.

Muyzer, G., de Waal, E.C., Uitterlinden, A.G. (1993) Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reac

tion-amplified genes encoding for 16S rRNA. Applied and Environmental Microbiol-ogy 59(3): 695–70.

 

Muyzer, G., Smalla,K. (1998) Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology. Antonie van Leeuwenhoek 73(1): 127-41.

 

Muyzer, G. (1999) DGGE/TGGE, a method for identifying genes from natural ecosystems.

 

Current Opinion 2(3): 317-22.

 

Pfaller, M.A., Preston,T., Bale-M., Koontz,F.P., Body, B.A. (1993) Comparison of the Quantum II, API Yeast Ident, and AutoMicrobic systems. Journal of Clinical Microbiology 26(10): 2054-8.

 

Reiss, E., Tanaka K, Bruker, G., Chazalet, V., Coleman, D., Debeaupuis, J.P., Hanazawa, R., Lat-ge, J.P., Lortholary, J., Makimura, K., Morrison, C.J., Murayama, S.Y., Naoe, S., Paris, S., Sarfati, J., Shibuya, K., Sullivan, D., Uchida, K., Yamaguchi, H. (1998) Molecular diagno-sis and epidemiology of fungal infections. Medical Mycology 36(57):-249–57.

 

Schabereiter-Gurtner, C., Selitsch, B., Rotter, M.L., Hirschl, A.M., Willinger, B. (2007) Develop-ment of novel realtime PCR assays for detection and differentiation of eleven med-ically important Aspergillus and Candida species in clinical specimens. Journal of Clinical Microbiology 45(3): 906–914.

 

Schoch, C.L., Seifert, K.A., Huhndorf, S. (2012) Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for fungi. Proc Natl Acad Sci U S A 109(16): 6241-6.

 

Tan, T.Y., Tan, A.L., Tee, N.W. (2008) A retrospective analysis of antifungal susceptibilities of Candida bloodstream isolates from Singapore hospitals. Annals of the Academy of Medicine Singapore 37(10): 835-40.

 

Trofa, D., Gacser, A., Nosanchuk, J.D. (2008) Candida parapsilosis, an emerging fungal patho-gen. Clinical Microbiology Reviews 21(4): 606-25.

 

Trtkova, J., Raclavsky,V. (2006) Molecular-genetic approaches to identification and typing of pathogenic Candida yeasts. Biomedical Papers is an official journal of the Palacký University, Faculty of Medicine and Dentistry, Olomouc, Czech Republic 150(1): 51-61 Weerasekera, M.M., Sissons, C.H., Wong, L., Anderson, S., Holmes, A.R. (2013) Use of denatur-ing gradient gel electrophoresis for the identification of mixed oral yeasts in human

 

saliva. Journal of Medical Microbiology 62(2): 319-330.

 

Wenzel, R.P. (1995) Nosocomial candidemia: risk factors and attributable mortality. Clinical

 

Infectious Diseases 20(6): 1531-4.